武蔵小杉駅の改札口（構内図で青色）は鉄道会社ごと異なります。
東横線・目黒線が東急電鉄（ピンク）、南武線・湘南新宿ラインなどがJR東日本（黄色）です。
| フロア | 東急改札内 | JR改札内 | |
|---|---|---|---|
| ４階 |
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| ２階 |
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| １階 |
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タクシー乗り場は、３つのロータリー全てにあります。
東横線・目黒線 武蔵小杉駅について
東急電鉄の武蔵小杉駅、10:00〜22:00は商業施設《東急スクエア》へ直接入館できます。改札口のある４階では、複数のレストランが営業しています。
JR 武蔵小杉駅について
南武線と、その他のJR線（品鶴線）ホームは改札内で行き来が可能。ただし、直線距離にして250mほど距離があります。
横須賀線ホームに、相鉄・JR直通線も発着します。
| 鉄道路線 | 南武線 横須賀線 湘南新宿ライン 相鉄・JR直通線 |
|---|---|
| 駅番号 | JN07 JO15 JS15 |
| 改札口の数 | ３つ（北改札・新南改札・綱島街道口）＋臨時入場口 |
| 所在地 | 神奈川県川崎市中原区小杉 |
南武線〜横須賀線 乗り換え
南武線と横須賀線・湘南新宿ラインの乗り換えは、南武線ホーム川崎方面〜横須賀線ホーム東京方面を繋ぐ地下道を経由します。所要時間は５分くらいです。