武蔵小杉駅の改札は、東急線とJR線で異なります。
東横線・目黒線、南武線〜横須賀線ほか
ホームは東西に分かれ、およそ400m離れています。乗り換えルートは、2通りあります。
短いルートは歩道を進み、綱島街道改札（7:00〜23:00）を通ります（構内図で赤点線）。徒歩で5分くらいです。
一方、JRの北改札（南武線口）経由する場合は、南武線ホームを歩きます。屋根付き通路や地下を通るため、雨天はこちらがおすすめ。途中の数か所に動く歩道が設置されています。
東横線・目黒線の改札口は2か所ありますが、乗り換えで使うのはJR線方面改札です。
